台灣國安局為了表示它對《壹週刊》大搜索具有正當性,連日來不斷將國家安全的問題無限上綱,並放出消息說,因媒體報道國安局機密文件,國安系統已緊急撤退台灣設在南非的三個情報工作站,還說「情況之緊急,差點讓台灣駐外情報人員命喪黃泉」;又說因媒體洩密,嚴重危及國安局的情報工作,迫使國安局不得不一一檢討各據點的工作現況,作危機處理。
在這種危及國家安全說詞的煽動下,台灣南部遂發生民眾焚燒《壹週刊》並指控這份刊物不顧「國家安全」的事情。
《壹週刊》刊機密文件,是由國安局總務室前出納組長劉冠軍的貪瀆案引起的。劉利用職權,侵吞了國安局秘密帳戶約二億元新台幣,並於二○○○年九月三日偷渡出境,當天下午五時許已抵達中國大陸。九月二十八日,台灣國防部高等軍事檢察署正式發布劉冠軍涉嫌貪污案的通緝令。至今已一年半。軍方及國安局對劉的出境內幕、他的下落、他的潛逃對國家安全的影響,沒有查出個結果,自然也沒有向公眾交代。然而,國安局內部,一年半以來,難道從沒有檢討過劉冠軍任內可能接觸及帶走的資料,難道沒有想過劉冠軍會把有關海外情報據點的資料提供給中共?難道一年半都沒有及早因應、沒有緊急撤退?而非要等媒體揭露了國安局有秘密帳戶,才會「差點讓台灣駐外情報人員命喪黃泉」嗎?這邏輯也太經不起推敲了。
台灣國安局長蔡朝明說:「國安局做情報工作,用非常手段,達成維護國家安全利益,是法定職責之內,何況古今中外都一樣。」問題是,《壹週刊》既沒有揭露國安局從事情報工作的具體內容,也沒有指摘國安局不該做情報工作。任何國家,都有情報工作,都有間諜,都收買外國政客,都花錢進行游說。做這些事,可能有事實上的需要。一般民主開放的國家,也都設有「秘密預算」。這部分預算,通常也要經過國會的特別委員會秘密審查,具體內容不對外公開。然而,「秘密預算」不等於「秘密帳戶」、「秘密預算」是在制度內運作的,有國會的特別委員會予以監督。《壹週刊》揭露的「秘密帳戶」則是兩回事,它是一九九四年國安局完成法制化後,超過三十五億台幣的剩餘經費,沒有繳回國庫,而是設立秘密帳戶,由李登輝私下撥用,包括用於金錢外交,「李登輝出訪康奈爾」,給蔡英文作「兩國論」的研究,以及過年過節李登輝私下賜賞一些人的獎金、禮品費等。
設「秘密帳戶」不符合任何法治國家的原則,它非關國安局維護安全功能,而是一個政府部門內欺騙人民、擺脫國會監管的大醜聞。