林燕妮於2011年傳患上淋巴腫瘤，但她否認其事，強調只是甲狀腺出現問題而已，但她一直堅強面對，留院時跟院友談笑風生，表現堅強。

不過，林燕妮自患病後開始減少出席公開活動，最後一次露面已是2014年11月出席「
香港廣告商會金帆廣告大獎三十周年頒獎禮」，當時的林燕妮穿上紅色外套，十分精神，被問到舊愛黃霑逝世10周年紀念有沒有任何悼念？林燕妮決絕地說﹕「冇嘢講，就算係其他場合都有你哋啲行家問過，我都係答 『冇嘢講』。」

至2015年3月，林燕妮被《蘋果》影到與一名老先生到置地廣場飲下午茶，染了一頭棕啡色髮襯紅裙的她，衣着打扮十分搶眼。而這次亦是林燕妮最後一次露面，其好友鄧達智接受《蘋果》訪問時亦透露去年與林燕妮見面時，由於對方因為病浮腫，叮嚀大家不能影相。