1989年蘇聯由阿富汗撤軍,蘇聯扶植的共產政權三年後也倒台,阿富汗隨即陷入內戰。奧馬爾原本回去當教士,但一次發夢夢見一名女子告訴他「你必須終止亂局,真主會幫你」,於是率領學生與各地軍閥作戰。他的派系不斷壯大,起名為塔利班組織,獲得拉登資助,在1996年控制全國。
塔利班意思是神學士,奧馬爾奉行回教原教旨主義,所建立起來的就是神權政權。塔利班以最嚴厲的回教法規治國,婦女必須穿着從頭到腳包裹的罩袍,男子必須纏頭巾蓄鬍鬚、一天禱告五次,盜竊者要斬手斬腳,通姦者要被亂石砸死。塔利班又排除異教,炸毀巴米揚大佛像。
他在反蘇聖戰期間跟拉登成為莫逆之交,據說兩人每天都用衞星電話聯絡,不時相約垂釣。兩人更互相許配女兒,拉登把長女嫁給奧馬爾,奧馬爾則把一名女兒許配給拉登做四奶。奧馬爾在坎大哈住的豪宅,也由拉登出錢興建。2001年911恐襲後,美國要求奧馬爾交出拉登,他一口拒絕。美軍推倒塔利班政權後,兩人就分頭逃亡。
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