顧問研究顯示,三條過海線路段在2011年早上繁忙時間每小時平均載客率頗高,荃灣線尖沙嘴至金鐘達74%;將軍澳線油塘至鰂魚涌亦達72%;東涌線九龍站至香港站則61%。晚上繁忙時間,荃灣線金鐘往尖沙嘴仍是最多人,載客率達69%;其餘兩條線則分別55%和42%。
不過,當沙中線過海段2020年通車後,東鐵線乘客可直接過海至金鐘,毋須在九龍塘站或尖沙嘴站轉乘荃灣線過海,可望紓緩荃灣線過海擠迫。顧問報告估計,屆時所有過海線的平均載客率都會下降,到2031年時,荃灣線、將軍澳線、沙中線及東涌線過海段,載客率分別為60%、49%、48%、44%。