很多災民都有皮膚病及傷口發炎，傷者的細菌更透過接觸，傳染給其他災民。一名女災民說：「我原本沒有傷口，亦沒有皮膚病，每天照顧在地震中跌傷的母親。之後，母親感染了皮膚病，更把細菌傳染給我。」女災民的手出紅疹及脫皮。
有救援人員擔心，傳染病會大規模爆發，「避難所人太多，太擠迫，在衞生環境惡劣下，細菌容易以極快速度傳染」。由於大島的緊急救援船被燒毀，若傳染病情況惡化，恐怕難以把災民送到市內醫院救援，延誤治療。
在町立志津川醫院的醫生西沢匡史表示，災區的流感情況相當嚴重，除了因為災區氣溫寒冷外，災民互相感染個案增加，有些災區食物不足，在缺乏營養下，令災民抵抗力大減，使流感肆虐。
日本《產經新聞》