天主教香港教區是現時香港最大的辦學團體，屬下有55間小學和26間中學。浸會大學政治及國際關係學系副教授陳家洛憂慮，中梵協議將令教會學校及相關機構認為要配合大勢所趨，出現自我審查及自我制約問題，「有真話都唔敢講，收埋一邊，咁樣對於中共想要香港教育機構，承擔一系列嘅責任，變成幫兇」。天主教香港教區教育事務主教代表助理儲富有回應稱，當中要有很多假設成立才會發生有關情況，現階段他不會有這擔心。

以往教區在國民教育以至校本管理等教育政策上，都勇於表達反對聲音。2005年教區曾對要求學校成立法團校董會加入教師和家長校董代表的《校本條例》提出司法覆核，與政府對簿公堂，終於2011年終審敗訴。2012年國民教育風波，天主教香港教區曾公開發表聲明，表示不會在新學年推行國民教育課程，並成立「德育及國民教育專責小組」，審閱教育局德育及國民教育課程，在小組未有具體建議前全體教區中學及小學不於2012年度推行國民教育。

民主黨創黨主席李柱銘認為，在一國兩制下中梵協議理應不影響香港，但現時並不知道中梵之間的協商內容，當中亦沒有諮詢香港的意見，擔心實際上「做出來可能大鑊」，影響香港的教會。陳家洛則認為，港人言論、思想自由雖受法律保障，但在政治打壓下受蠶食，目前雖未到全城噤聲地步，但社會已被無力感所籠罩。若教會機構作為社會道德指標，因改善中梵關係等政治理由而不再敢言，將來對不公義的事情都不發聲，普羅市民勢孤力弱就更難發聲。

記者 鄧力行 鄭啟源