吳克儉上任後的表現常被外界批評，他則怪責李黎式暉未能替他與記者打好關係，吳要換人的最主要爆發點是吳克儉首次外訪，教育局未有發出新聞稿，事後記者批評教育局不發新聞通告，吳克儉大怒，便要新聞處調走李黎式暉，由另一名總新聞主任接替。有高官形容，吳克儉出身是人力資源顧問，他的管理哲學便是「唔滿意咪換人囉」。
董建華政府亦曾發生局長與常秘不和事件。2002年7月董建華首推問責制，廖秀冬獲委為首任環境運輸及工務局局長，公務員事務局調派劉吳惠蘭為她的常秘。但短短一年半，劉於04年1月便因與廖不咬弦，主動申請參加北京清華大學學習班，離開環境運輸及工務局。三個月後才回港，改任房屋及規劃地政局常秘。
現職政務司司長的林鄭月娥，亦曾於03年升任房屋及規劃地政局常秘後，不滿問責制下各政策局各自為政，決定離開房屋及規劃地政局。當時她寧願降一級，申請調去英國擔任港府駐倫敦經濟貿易辦事處處長。直至06年3月，當時的特首曾蔭權力邀下，她回港出任民政事務局常秘，翌年7月更獲曾蔭權委任為發展局局長，脫離公務員身份。