漁護署最新年度海豚監察報告揭露，2016年4月至2017年3月期間，在大嶼山一帶水域所錄得的海豚數目由65條減至47條，較去年急跌27%，在港珠澳大橋主要施工水域、大嶼山東北面連續兩年錄得海豚數量為0。而機場三跑道的填海工程去年展開，負責撰寫報告的香港海豚保育學會會長洪家耀形容，大嶼山北面已經「淪陷」。

報告指出，去年度白海豚的重要棲息地，集中在大嶼山西面整片水域，包括由大澳半島、雞公山、雞翼角伸延至分流一帶水域。洪家耀指，港珠澳大橋工程開始後，海豚由2012年數目急跌至去年，原以為海上工程完成後會有改善，豈料數目繼續下跌，他相信與機場第三跑道填海工程在去年開始有關，他形容大嶼山北面已近「淪陷」，若工程持續，相信未來幾年海豚只會繼續減少。

洪家耀解釋，海豚和一樣，需要寧靜和足夠的空間棲息，「住得唔好，食得唔好，搵食艱難，一定走」，就算港珠澳大橋完工後政府設立大小磨刀洲海岸公園作補償，海豚數字仍然偏低，他強調三跑填海未來10年對海豚是極大影響，「先發展後保育已經證實行唔通。」建議當局盡快在大嶼山西面水域設立一個大型海洋保育區，將現有的沙洲及龍鼓洲海岸公園、擬建中的西南大嶼山海岸公園及索罟群島海岸公園連接起來。

世界自然基金會香港分會(WWF)表示，相信在大嶼山一帶水域所進行的填海和發展工程，已嚴重破壞附近的海豚棲息地，加上日趨繁忙的海上交通都對海豚帶來重重干擾及壓力，促請香港政府盡快設立西大嶼山海岸公園，以保護所餘無幾的重要海豚棲息地。