連環強震對熊本以至全日本的經濟打擊逐漸浮現，由農業到旅遊業和工業都受到不同程度影響。首當其衝的是農業，因不少牛棚倒塌壓死和牛。有痛失11隻牛的牛農夫婦說，上月剛以100萬日圓（逾7萬港元）賣出一隻小牛，今次損失慘重，尤其是其中一隻母牛快要分娩，現在「一屍多命」。
山泥傾瀉令河水變濁，牛隻飲水受影響，乳牛亦會因受驚、壓力大而減少產乳量，還有牛奶工場暫停運作，擠了的牛奶未能出貨，影響牛農生計，業界就促請當局發放援助金助牛農重整旗鼓。

熊本湧泉水脈或震移

旅遊業方面，日本三大名城之一熊本城有數十處損毀，包括城外長牆倒塌、頰當御門附近石牆崩塌，「東十八間櫓」及「北十八間櫓」亦雙雙倒下，熊本大神宮一片頹垣敗瓦，管理事務所指修復或需十多年。名聞遐邇的熊本湧泉亦可能被強震震移水脈；優良水質是否受影響，有待災後檢驗確認。
今次地震亦打擊製造業。其中豐田汽車就因生產供應鏈受創，宣佈今周內全國廠房逐步停產，復產則要視乎部件供應情況。本田在熊本的電單車廠亦至少停產到今日，日產福岡工廠亦暫停生產。電子業方面，Sony的熊本工廠繼續停產。
日本農業新聞/日本放送協會/美聯社