第三階段為1997至2012年,其間廉署查案手法一再被揭越界,包括2000年海關黃培森案中的特赦證人,被法官指不可信。2009年窩輪天王案中,特赦證人爆出被調查人員誘使作假證供,其後三名調查員更被裁定防礙司法公正罪成。2006年截取通訊條例終於生效後,仍揭發廉署人員違規截聽。
近年廉署直接聽命的特首一再爆出醜聞,如曾蔭權的豪遊廉租、梁振英的僭建等;梁的內閣成員更一再被懷疑以權謀私,再加上去年湯顯明以專員身份和內地官員以茅台、牛腩作頻繁內交。楊指,現任專員白韞六已作處理,但認為應設定長遠監察制度,確保不再發生。他又對於退休首席法官李國能花大量時間為特首接受款待問題檢討,並作出建議,至今未見修例落實感到失望。
如何重建公眾信心?他表示,應視乎危機成因。如因執法問題,便應加強培訓,改變管理層的價值觀。若因專員或其直屬問責的特首有問題,一方面可將公職人員行為失當這普通法罪行立法變成成文法,寫清楚哪些是刑事失當行為。而其他可能引致政治後果的行為,則因現階段沒有民主選舉,即沒有後果,相信等到2017年有普選特首時,可間接令特首和高官達至更高操守水平。