堆填區臭味中人欲嘔,惡臭主要來自有機垃圾被覆蓋後,在分解過程中的化學反應而產生多種對人有害的氣體,當中包括致命的沼氣。有學者指出,六月份雨量較多,可能沖走覆蓋在垃圾上的泥土,令垃圾外露發出臭味,若吹東南風,便有可能把將軍澳堆填區發出的臭味吹至住宅區。
地球之友助理總幹事劉祉鋒指出,由於堆填區一般位於空曠地方,加上距離人煙稠密地區一段距離,故堆填區釋出的有害氣體,經稀釋後應該不會對人體有嚴重影響,然而在堆填區工作的人,卻可能吸入過量廢氣而失去知覺缺氧死亡,他指將軍澳堆填區被投訴傳出惡臭,可能與近日連場大雨,沖走覆蓋在垃圾上的泥土令垃圾外露有關,「如果傳出好濃烈臭味,可能同處理垃圾步驟出問題有關。」