近年公立醫院經常迫爆，審計署卻揭發北大嶼山醫院未有善用資源，院內兩成空間被空置近五年，近八成病床延遲至今未投入服務，大部分醫療設備使用率偏低，有大批輪椅及血壓計等購入四年多從未使用過，但與此同時，大部分大嶼山病人須被轉介到距離50分鐘車程的瑪嘉烈醫院接受治療。

審計署報告指出，耗資24.82億元的北大嶼山醫院2013年9月開始運作，但醫院大樓有21%面積，共2,867平方米至今被空置，當中大部份預定用作病房用途。

報告又指出，截至今年6月，北大嶼山醫院多項醫療服務尚未按原定時間表啟用，當中包括原定2014年啟用的婦科及兒科專科門診服務。而原定計劃可投入服務的180張病床，只有40張病牀啟用。大部份大嶼山居民都須轉介至瑪嘉烈醫院接受治療，車程最長要50分鐘。

審計署又發現，醫管局為北大嶼山醫院購置了10項醫療設備，總值3,270萬元。其中有7項的使用量偏低，當中流動式C形臂X光機使用率只有6%，電腦放射攝影系統只有10%。另外有大批2013年購入的設備，包括電動牀、輪椅、血壓計、洗衣袋架至今從未使用，部分己過保用期。

審計署又指出，明愛醫院第二期重建計劃由於醫管局估算成本不準確，成本由12.181億元增至17.196億元，即增加41%。而新建的醫院大樓及復康園地的工程完工日期分別延遲了27個月和43個月。部份工程的工業意外率為每10萬工時發生0.92宗，顯著高於醫管局所定的0.5宗上限，及發展局就政府工程項目所採納的0.6宗上限。