雖然買賣方便，但投資者亦需特別留意投資ETF的風險，例如滙率風險。海外市場的指數以不同貨幣作為基礎，例如印尼股票指數的相關成分股是以印尼盾計算，但在港上市的ETF大多以港元買賣，於是港元跟印尼盾的滙率，亦會影響以港元買賣ETF的價格，如印尼盾相對港元升值，ETF的價格將會上升，反之亦然。
另外，交易時間亦是需要留意的地方。投資者可在港交所交易時間內自由買賣ETF，但海外市場的交易時間有機會跟香港不同，如市況在港交所交易時間外大幅波動，投資者將會承受額外的風險。
還有海外市場的性質可能會跟香港市場不同，投資者在投資前要留意該市場的市場風險。例如香港恒生指數的主要成份是金融、銀行以及石油股份，而南韓市場則以資訊科技及消費板塊為主，金融、銀行等為次，結構跟恒指不同，風險亦會不同，投資者在投資海外市場前務必多加留意。