本港為對抗非典型肺炎付出了非常沉重的代價，港府終決定研究成立傳染病預防及控制中心，對抗日後突如其來的各種傳染病。不過，該中心如何運作及其所能發揮的作用，惹起不少爭議；而在抗炎過程中處處針鋒相對的兩間大學，因缺乏衷誠合作，阻礙了本港控制疫情的進度，更遑論牽頭成立傳染病中心。

無強勢領導如浪費
特首董建華本月初宣布，研究在港成立類似美國的疾病預防及控制中心，香港賽馬會將贊助五億元作為成立經費。
醫療政策評議會會長郭家麒認為，中心要發揮作用，必須要有強勢領導，若只淪為衞生部門轄下一個單位，被政治決定所凌駕，最終等於「嘥錢」，「有幾多萬個這樣的中心都好，有不濟事嘅官員，都一樣冇用」。
郭家麒解釋，中心須具獨立性，才可吸引人才參與；而本港要做好傳染病控制工作，須與內地珠三角合作，因此需具有一定法定權力及「份量」，好與內地洽談。
既然以政府架構成立該中心困難重重，結合兩間大學的人才創辦又是否可行呢？非典型肺炎肆虐期間，港大和中大一直「鬥個你死我活」。先是「鬥快」找出病毒；然後港大醫學院院長林兆鑫兩度撰文，抨擊大學未有主動交換研究成果，並批評威院及中大對防疫控制的警覺性不足。事件凸顯了兩大門戶之見，威院逾百名醫護人員更因此聯署去信報章，予以反駁。