當地官方多次通報此事故時,未有按近年慣例把訊息直接發佈至公安、政府宣傳部等官方微博和微信上,已只透過內媒發佈。此後更傳出當局疑因廈門將舉行金磚峯會,瞞報死傷數字,甚至出現武警進醫院「搶屍」傳聞。至昨午,「仙遊公安」等官微發佈訊息,指當地一名陳姓女村民在前晚10時許在微信聊天群內傳播「蓋尾校車事故,消息封鎖,31人篡改為17人,遇難16人改為2人,少報、謊報,還搶孩子屍體」訊息,昨已將其拘留處罰。
及後另有內媒引官方部門稱,首先發佈「鄉村客車共17人,其中大人2名,小學生15名」消息,是因初時發現車上共有15個書包;惟後來核實發現兩名學生沒帶書包上車,才改為車上共有19人。而因初步判斷現場一名倒在血泊的成人是司機,因此發佈「2人死亡(其中1人為司機)」內容;及後經調查確認,死者為車主而司機卻是失聯,才發懸賞通告找出司機本人或其屍體。
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