處理藥物問題時，衞生署又給予業界不設限的過渡期，包括中成藥及中成藥製造商正式牌照制度，十多年來仍未完成。
衞生署早年開始規管中成藥製造商時，容許2000年1月3日或以前已開業的中藥商，先於03年中申請過渡性牌照，直至獲發正式牌照。該署也容許99年3月1日時已在本港製造、銷售及供應的中成藥，可先申請為過渡性註冊，直至獲正式註冊為止。現時有9,120種中成藥仍屬過渡性註冊。至今政府沒有就中成藥製造商及中成藥正式註冊設立「死線」。
醫院藥劑師學會副會長崔俊明說，當局常擔心監管太緊，扼殺業界生存空間，將商業利益放首位；但「做藥冇得仁慈」，否則只會令市民受害。