會上議員就草案中以機場候機乘客的處境而對機場客運大樓吸煙室豁免，但對上環港澳碼頭及尖沙嘴中國客運碼頭是否可以同樣得到豁免展開激烈辯論。衞福局副秘書長楊何蓓茵說，局方立場不希望非吸煙者受二手煙滋擾，但仍會考慮渡輪的行程時間及船務公司對吸煙乘客的做法再作修訂。

張宇人稱，條例修訂與行程長短沒有必然關係，跨境碼頭應與機場客運大樓一視同仁地同獲豁免，以達致條例的「公平」及「一致」，所以支持在兩個跨境碼頭設立吸煙室。民主派多名議員包括李柱銘、李華明及郭家麒都認為，條例需要保障在該處工作的員工免受二手煙的禍害，因此贊成跨境碼頭全面禁煙。
李柱銘在會上提出多項保障員工健康免受二手煙危害的建議，包括讓進入吸煙室的清潔員工佩戴「豬嘴（防毒面具）」；向吸煙者在進入吸煙室前提供煙灰盅；或設立不具抽風系統且完全密封的吸煙室，讓吸煙者在烏煙瘴氣的環境下「享受」吸煙。

會上又討論草案通過後的執法問題。根據過往資料顯示，在禁止吸煙區內所作出的檢控數字中有近九成是在遊戲機中心，其次為購物商場。
李柱銘認為，定罪對違法人士不一定具阻嚇作用，他以日本向亂過馬路人士的罰則作參考，建議可向受檢控人士進行強迫驗身，並向其收取驗身費用及進行再教育。