被稱為「中國新聞史上最黑暗一頁」的《南方都市報》冤案，據報道是《南都》在前年連續揭發廣東瞞報沙士疫情，以及廣州市收容站打死湖北大學生孫志剛，因而得罪省、市領導高層，遭報復打擊，事件背後黑幕重重。
《亞洲周刊》曾報道，《南都》與廣東省政府高層結怨，肇始於二○○三年三月在全國兩會期間踢爆廣東瞞報沙士疫情，矛頭直指有廣東省的黨政官員在處理疫情上瀆職。同年四月，《南都》又揭發湖北大學生孫志剛在收容站被公安打死。事件經廣泛報道後，在全國造成極大震撼，總理溫家寶下令廢除收容站制度。《南都》亦因而進一步與廣東、廣州政法系統結下不解的仇怨。