早在2016年6月、即小組舉行第二次會議時，有議員已經提出有關工程擾民的問題，當時港鐵以及鐵路拓展處的書面回覆提到工程設有樓宇沉降監測，聲稱自2015年4月隧道工程開展以來，「所錄得的各項監測數據均屬正常水平」；不過根據《蘋果》取得的報告顯示，土瓜灣市政大廈的沉降早在2016年3月時已經超出警報水平。
至2017年7月的第6次會議，再有議員提出工程擾民。當時區內的大廈已經出現廣泛沉降，不過港鐵以及鐵路拓展處的聯合回覆仍然聲稱「各監測點的數據均符合正常水平」，完全未有交代實際沉降情況。
土瓜灣區議員林博批評港鐵隱瞞區議會，「從來都唔知原來沉降超晒標」。林博指出，根據區議會的慣例，港鐵須事前提交有關書面資料，不過港鐵提供的文件及資料都很片面，每次有區議員問到有關工程的技術細節，港鐵代表僅以口頭回應，導致區議會難以事後跟進，「佢話沉降幅度安全，但我哋連安全標準係幾多都唔知」。
■記者林偉聰