上世紀80年代初,中國為防止在資訊戰中被攻擊,開始研製自主電腦作業系統,但因缺少軟體支援等條件受阻。至1999年,在中科院軟件研究所支持下,成功研發出基於自由軟體Linux的自主操作系統,紅旗Linux1.0。翌年6月,中國科學院軟件研究所和上海聯創投資管理有限公司組建北京中科紅旗軟件技術有限公司。2001年,在北京市政府採購中,紅旗Linux作業系統中標,永中、金山等國產軟體也進入採購名單。
但到2014年,中科紅旗卻貼出清盤公告,稱因經營困難,會於年底解散公司,後來得五甲萬京資訊工業集團收購,保留紅旗產品,至今也推出到紅旗linux電腦版9.0系統。惟多數國產系統都只能為政府使用,民間並未廣泛應用。
外國操作系統壟斷中國市場多年,國產系統難以增加市佔率情形下,內地人打趣指,「Wintel聯盟固若金湯,紅旗系統風光一時」,Wintel聯盟指由微軟視窗(Windows)系統,和英特爾(Intel)CPU組成的電腦聯盟。