阿里山森林鐵路自1962年載客營運以來，至少發生11次事故，其中以2003年3月1日發生列車翻覆，造成17人死亡、173人受傷最為慘重。

據台灣行政院農委會的事故報告指，2003年3月1日下午2時9分，阿里山小火車在一座長達20米的橋上發生翻覆事故，造成17人死亡、72人重傷、101人輕傷。肇事的小火車是在從阿里山站開往神木方向接近神木車站時意外出軌的，掛有四節車廂的列車車頭碰撞山壁，前三節車廂先後壓擠向山壁，第四節車廂掉落橋下約5米。事故被認定因「剎車失靈」，驗車員和正副司機因「人為疏失」被追究責任。
此外，在1996年，阿里山一架工程列車輾斃民眾，是該鐵路載客營運以來的第一次意外；其後在2002年發生一年發生6次意外，是歷年來最多，除了工程列車發生事故，造成承包商死亡之外，其他5次則有1至2人受傷。前年因遭颱風「莫拉克」重創，阿里山鐵路路基嚴重流失，4座隧道被埋，全線一度停駛。去年6月，停駛10個月的神木線、祝山線率先恢復行駛。台灣《蘋果日報》

2009年8月8日
阿里山森林鐵路因八八風災受創嚴重，主線停駛至今；神木、祝山兩支線自去年才陸續復駛

2003年3月1日
阿里山櫻花季前夕，一列神木線小火車翻覆，造成17人死亡、173人受傷

2002年
全年發生六次意外，除了一次工程列車發生事故，造成承包商死亡之外，其他五次則有一至兩人受傷

2001年
一列小火車在眠月支線十字岔路出軌，造成八人受傷

資料來源：《蘋果》資料室