1999年，黃琦設立「天網」網站，由於網站同時登載各種批評時政的文章，引起中國當局的關注，2000年天網網站一度被查封。4月15日，在一家美國網絡商的幫助下，天網網站重新開張。但由於天網批評時政的聲音越來越尖銳，2000年6月3日，即六四事件11周年前夕，黃琦被公安拘捕。在被捕近三年後，2003年5月9日，成都市中級人民法院以煽動顛覆國家政權罪，判處他有期徒刑5年。
美國政府及一些國際組織都抗議中國當局對黃琦的迫害，無國界記者曾把互聯網自由獎頒給在獄中的黃琦。2005年6月4日，黃琦刑滿獲釋後，繼續從事人權活動，創辦天網人權事務中心，2007年獲人權觀察頒發赫爾曼．哈米特人權獎。
本報記者