中文大學校園出現「香港獨立」橫額後被校方清拆，引起打壓言論自由爭議，中大副校長吳基培上周五（9月8日）與學生會面後被包圍，雙方爭執近6小時。就校方向學生會發信要求清拆文化廣場及民主牆的港獨橫額，吳基培今日在中大網站撰文指，學生事務處在發信前曾致電有關同學，但未能聯絡上，因而引起誤會，表示校方現願意撤回信件。

吳基培在文中指文化廣場及民主牆等設施是大學授權中大學生會代為管理，故有違例張貼，理應由學生會先為處理。他提醒同學「有權必有責」，同學擁有管理發表意見場所的權力，亦須承擔相關責任，切實執行他們自行訂立的守則，有違反守則的匿名宣傳品，理應清除。他澄清與學生對話時，同意校方與學生會「溝通之前不拆除文化廣場的展示品」，而非「未有共識之前不拆除文化廣場的展示品」。

他又回應上周五被學生包圍事件，指經歷不好受，但無動搖他們要與學生坦誠溝通的信念，又指作為老師，有責任向同學剖析事件，提醒他們可能的後果。他表示這幾天一直與學生領袖積極溝通，認為「溝通永遠比對抗更有助解決問題」，希望可以看見互動的成果，又請各界給予他們一些空間，讓他好好與同學溝通，妥善處理事件。