國務院港澳事務辦公室，就南丫島的撞船慘劇，向香港特區行政長官辦公室發慰問函，對遇難者表達沉痛哀悼，並向受傷者及遇難者親屬表達深切慰問。

慰問函提到，如港府有進一步需要，中央政府將繼續全力提供協助。