運輸署分別向公共交通機構的司機及乘客發出預防流感的健康指引，在司機方面，指引要求經常清洗冷氣系統，定期以一比九十九稀釋漂白水清洗車廂座位、扶手、安全帶、車門把手及冷氣風口；若有乘客不適嘔吐，應以一比四十九稀釋漂白水清洗，在流感爆發時，應將冷氣鮮風入口調至最大，懷疑有患上流感的乘客在車上時應禮貌地要求他佩戴口罩。
在乘客方面，指引要求在流感大爆發時，乘客在繁忙時段人流稠密時亦應戴口罩，當懷疑自己患上流感時，應召喚救護車前往醫院。
地鐵發言人說，在指引發出前，地鐵已加強清洗車廂及宣傳預防流感訊息。市區的士司機聯委會主席郭志標則表示，的士會加強清洗冷氣，但的士取清水較困難，難以經常清洗車廂，亦無可能每次找續後都洗手。