2006年8月，有民進黨立委及市議員告發馬英九在台北市長任內違規使用特別費。高檢署於去年2月宣佈完成案件偵查，認定馬將不須單據核銷的特別費約283萬港元存入他的私人薪資賬戶，未用於公務，又申請為個人財產，涉嫌貪污，以貪污治罪條例「利用職務機會詐取財物」罪名起訴馬，他因而辭去國民黨主席一職。
所謂特別費，是台灣當局編列給各級行政負責人的特別津貼，其中一半須憑單據核銷，另外一半不須憑據報銷，可由行政負責人在簽名後直接領用。長期以來，台灣對特別費應如何定性和報銷，缺乏明確規範。去年8月，台北地方法院一審判決馬無罪，地檢署檢察官侯寬仁其後提出上訴。去年12月，台灣高等法院二審判決馬無罪，令糾纏馬兼一度影響他的參選總統資格的特別費案，暫告一段落。
然而，控方鍥而不捨，再提上訴。預計三審需時約半年，馬英九當選後，案件就會因他的總統身份豁免審理。不過，特別費案始終給馬的清白之身留下一點陰影。
本報記者