2003年廉署聲稱接獲舉報,壹傳媒旗下刊物《忽然一周》一名娛樂新聞記者涉嫌賄賂導演王家衞製作公司的職員,因而拘捕記者,並進入《忽周》辦公室搜查。過程幾乎歷時一整天,至凌晨才結束。廉署人員帶走採訪部大量文件,需動用兩架客貨車運載。
最轟動的一次傳媒機構大搜查發生在2004年。當年7月,廉署出動大批人員分別進入七間報館及多名記者的寓所搜查。事件涉及同年一宗貪污案,廉署當時拘捕多人,但隨後有人投訴廉署非法禁錮其中一名涉案人士,並向法庭申請人身保護令,要求廉署交出該名人士,迫使該名人士不再出任廉署證人,廉署的搜查行動就是要找出誰向傳媒機構洩露該名人士的資料及追查串謀的線索。
連串搜查報館事件均引起公眾譁然,當時還未淪為行政機關附庸的立法會於2005年成立檢討有關搜查及撿取新聞材料的小組委員會,2006年時任律政司高級助理刑事檢控專員薛偉成在有關委員會的一次會議上承認,執法部門三次搜查傳媒機構的事件均無迫切性。
執法部門隨意進入傳媒機構搜查,嚴重威脅敏感新聞材料的安全。當年45條關注組立法會議員余若薇指出,被撿取新聞材料的一方需負舉證責任,才能阻止執法部門撿取資料,但這一方並無執法權力,根本很難提出確實證據。