武漢肺炎病毒檢測取樣方法主要有3種，分別為鼻咽拭子、咽喉拭子及深喉唾液樣本。對於內地專家批評以深喉唾液樣本做檢測「粗糙」，有公立醫院醫生質疑只因內地現時主要用鼻咽或咽喉拭子樣本、「用唔慣」深喉唾液樣本；加上要靠混合樣本方式做大量檢測，而以深喉唾液做混合檢測，會增加工序。

內地做全民檢測都以醫護人員為市民取咽喉拭子樣本，現時香港要市民自行採樣，醫生批「較內地更落後」，不排除此與未能找到足夠人手，甚至未能負擔成本有關。

呼吸系統專科醫生梁子超表示，內地混合樣本方式一般是將5個樣本，混合一起做檢測，敏感度較單一樣本檢測低。若病人處於高傳染性及病毒量高，其樣本經過混合也會被發現呈陽性；但若病人屬病發初期或病毒量不高，有機會遺漏。混合樣本檢測方式一般應用於大型檢測，很少用於臨床診斷上，以免影響敏感度。

有公院醫生表示，內地近期在沒有提出科學證據下，批評本港常用的深喉唾液樣本測試「粗糙」，相信內地及香港國情不同。內地慣用鼻咽或咽喉拭子樣本，「用唔慣」深喉唾液樣本。要做大量檢測需靠混合樣本方法，若要混合深喉唾液樣本涉及「溶解」的工序，但混合鼻咽或咽喉拭子樣本，步驟較簡單。混合樣本檢測準確度較單一樣本低，但可於短時間內做大量檢測，也有一定價值。

該醫生又指，內地做全民檢測，是醫護人員為市民取咽喉拭子樣本；但在港要市民自行採樣，不排除與未能找到足夠人手，甚至未能負擔成本有關。

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