兩岸政策是近屆台灣總統選舉攻防的焦點，「抹紅」是綠營攻打藍營的絕招之一。謝長廷今次雖然強攻藍營的「兩岸共同市場」，斥為「一中（一個中國）市場」，但在兩岸三通問題上，謝長廷又「背叛」了陳水扁，反而與馬英九的主張相通。
「三通」是指兩岸直接通郵、通航、通商，於1981年由中國人大委員長葉劍英提出。27年過去了，台灣方面基於安全、政府地位等問題，一直規管三通，但台商早已登陸，民間笑稱早已實現「三通」：通婚（娶大陸新娘）、通姦（包大陸二奶）、通勞（僱大陸勞工）。
有見於陳水扁「積極管理、有效開放」的兩岸政策成為眾矢之的，謝長廷宣佈參選後，不能不作出修正，承諾一旦當選總統將朝兩岸直航三通的方向去做。馬英九則嘲笑說，謝長廷如果要推行三通，最好把民進黨先解散，否則他是做不到的。

民進黨反三通立場軟化

其實，民進黨內部反對三通的立場日漸軟化。前立委彭百顯是陳水扁嫡系「正義連線」成員，他也贊成三通，認為可使台灣國際化，提升台灣的國際地位，甚至可讓台灣重返聯合國。
事至如今，不管馬英九、謝長廷誰當選，兩岸三通已勢在必行，對兩岸經濟、政治衝擊能走多遠，實在難以預估。當然，民進黨、國民黨受意識形態的限制不同，在三通方面能邁出的步伐也不同。謝長廷雖然承諾放寬三通，只是停留在舊三通，因此又反對兩岸共同市場，而馬英九則較積極回應民間的訴求，在競選政綱中主張允許陸資（大陸資金）登台、承認大陸學歷、兩岸海空直航，民間概括為資金通、人才通、海空通的「新三通」。
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