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高鐵香港段超支200多億至853億元，預計完工日期亦延至2018年第三季，但一地兩檢仍未落實。立法會鐵路事宜小組委員會主席田北辰在電台節目表示，高鐵最新造價達到853億元的數字可信，但認為工程唯一危機是一地兩檢問題。他透露港府與內地當局有關一地兩檢的磋商，已做得「七七八八」，但目前仍未拍板可能與政改期間，政治比較敏感有關，而即使政府短期內就一地兩檢有決定，亦要視乎民意是否接受。

運輸及房屋局局長張炳良表示，當局已就一地兩檢問題，與國家相關部委商討，目前方向進展良好，希望爭取在今年內集齊所需資料，讓港鐵在西九龍總站內地通關區設施方面跟進，相信不影響西九站內部設施進度。

公共專業聯盟政策發言人黎廣德批評高鐵工程是「被動式爛尾」的失控和失效「雙失工程」，認為應研究停工止蝕，建議現時未完工的西九站部分地方興建地下商場，或可用於其他非商業設施，相信達到的整體效益高於盲目投資高鐵。