新成立的「中央應對新型冠狀病毒感染肺炎 疫情 工作領導小組」，由總理李克強擔任組長，是中共總書記習近平上台七年來少有未有親自掛帥的工作小組。有分析指出，與2003年胡錦濤主政時由 國務院 主導成立的「全國防治非典型肺炎指揮部」比較，現在的工作小組官員級別比當年的指揮部全面提高，但同時分管宣傳等「虛職」的官員比例也增加，相反負責抗疫相關工作的技術官僚卻全面退場，有效領導抗疫的能力成疑。

2003年4月23日，總理溫家寶主持國務院常務會議後決定成立防治非典指揮部，由兼任衞生部長的副總理吳儀擔任組長，副組長為國務委員兼國務院秘書長華建敏，另有11名成員，包括衞生部常務副部長高強、發展改革委主任馬凱、中宣部常務副部長吉炳軒、外交部副部長戴秉國、公安部常務副部長田期玉、北京市代市長王岐山等。反觀新成立的抗疫領導小組在體制上直屬於中共中央，組長李克強和副組長王滬寧均為政治局常委，其餘七名成員全部都是副國級官員。

清華大學政治學系前講師吳強對《蘋果》稱，工作小組由總理掛帥，級別似乎比當年由副總理吳儀掛帥的指揮部規格要高，既反映當前疫潮危情加劇，比2003年更嚴重，「同時也顯示李克強所代表的官僚獲得了小小的權力，算是習在政治上的讓步。」但他指與當年由吳儀率領的以技術官僚為主人馬有別，現在的工作小組很多成員都是習近平的親信，其中習的文膽、中央書記處書記王滬寧出任副組長，還有被視為習「嫡系」的中央辦公廳主任丁薛祥、中宣部長黃坤明和北京市委書記蔡奇等人出任成員。

「這個小組未來有多大程度上可以真正擔當全局性的領導工作去擺脫困境，其實是蠻值得懷疑。就像從武漢的情況所看到的，習的治理體制已經出現了極大的問題。」吳強認為，習體制的領導能力較胡溫時代倒退：「習自己不擔任組長，由這麼一個相當推卸責任的小組，能夠管理、控制、協調中國的地方官僚嗎？它還不如當年吳儀當年領導的指揮部所具有的實際的治理、權威、專業效能。」他又指李克強今天到訪武漢抗疫前線，「能夠解決的只是兩萬副護目鏡，這似乎是中南海做到最大程度的動員，這是很悲哀的。」

時事評論員劉銳紹也指，當年的指揮部由副總理領導一批副部長級官員為主的成員，而現在的工作小組由總理領導，成員則為部長級以至副國級，「從規格來說，可顯示現在的防疫規格以至官方的重視程度，都比17年前提高，也間接反映現在的疫情比當年SARS更嚴重，從疫症傳播的廣度和闊度來說，官方不敢掉以輕心。」而與當年的指揮部比較，中宣部、外交部和公安部的代表均由副部長級提升至部長級，顯示中央認為疫情與宣傳、維穩以至外交都有很大關係。「國外內有沒有人藉這次疫潮，抹黑中國政府？既要宣傳官方政策，亦要預防對中共的攻擊。」「武漢有900萬人留在城裏，他們又走不到，沒患病的人可謂在死亡邊緣掙扎，如果他們上街（示威），當局就要出動武警維穩。」

時事評論員呂秉權也批評，工作小組的成員陣營先天不足，多人是掌管宣傳和維穩工作的官員，更奇怪的是國家衞健委和這次疫情的爆發地湖北都沒有代表，「似乎是一群負責控制頭腦、維穩的官員多，做（抗疫）實職的人不多見。」他直指現在習成立的工作小組不比當年：「當年的指揮部以實職官員居多，副總理吳儀有鐵娘子之稱，行事雷厲風行，能夠鎮得住形勢。現在李克強雖然是總理，但在多年習近平的治下已被廢了很多武功，權威不足、有責無權，落到現場工作恐怕也是事倍功半。」