多名泛民議員質疑工程費在6年間上升超過一倍,是否有合謀定價之嫌,又質疑當局之前是否故意將工程開支數字壓低,先讓立法會通過,再追加撥款完成工程。公民黨郭家麒在發言時更稱,蓮塘口岸工程根本無迫切性,只是配合深圳方面的「作嫁衣裳」,又批評承建商視港府和立法會為自動提款機。新同盟范國威則質問港府,能否保證今次是最後一次就工程申請撥款。
發展局常任秘書長(工務)韓志強只稱,有信心口岸工程能在預算中完成,但不能保證「百分百唔返嚟(財委會)攞錢」。韓亦指,工程能如期於2018年年底完有較大風險,但相信延誤只會是數個月,而當局曾考慮押後部份工程的工序,但決定不會這樣做,因只會令造價再升。
其後郭家麒、范國威、人民力量陳志全及社民連梁國雄,就兩項撥款提出共17項議案,但一律在建制派否決下全軍覆沒。結果兩項撥款在建制派贊成下通過,最終工地平整和基建工程追加撥款以26票贊成、10票反對通過,而口岸建築和設施工程撥款,以27票贊成、6票反對獲通過,人民力量陳偉業在其中一次表決時按錯贊成按鈕。