四一年,日本軍機轟炸啟德機場,但大批市民仍湧向不遠處的黃大仙祠,希望獲庇佑;道士亦為災民供茶水糧食。日佔期間,黃大仙顯靈傳說甚多,如日軍曾入祠欲強搶「飛鸞台」三字橫額,但一動手便失足跌下;日軍又已列該祠為軍用機場擴建地,但最終沒有成功。
四五年香港重光,黃大仙祠有大批善信參拜,但四八年突被當局指按《廟宇條例》是私人場地,因參拜遊人太多需關閉。
五六年,政府欲收回該祠土地,發展為廉租屋邨。嗇色園請求當局讓該祠轉作對外開放,條件是公眾入園需交一毫,並撥予東華三院作學校經費;結果,黃大仙祠全面對外開放。
黃大仙祠所在地六九年命名為「黃大仙區」;七三年九月,全新大殿落成,祠廟從嶺南民宅式建築,成為富麗的華殿式建築,香火日益鼎盛。嗇色園也發展成宗教慈善機構。