2013年開始,他與科普作家方舟子展開基因改造論戰,更自費赴美調查基因改造食品的安全問題,但同時以激進手法攻擊反對者,引發外界不滿。其後崔永元炮轟內地影星范冰冰偷稅漏稅,最終導致范被國稅總局追繳及罰款,引發中國娛樂圈大地震,但實際崔的舉報行為涉及與范冰冰主演電影《手機》的一段「私仇」。
此次的陝西千億礦權案卷宗失蹤案,崔永元不但揭露了案件背後的陝西官場黑幕,更將最高法院院長周強「擺上枱面」。
而當輿論一片興奮,將崔捧為「打黑先鋒」時,官方調查組公佈的報告潑了一盆冷水,無論是官方誣陷法官、還是王林清真的「賊喊捉賊」,對公眾來說,「名人打黑」背後的輿論狂歡很可能只是曇花一現。