表面看,孔子學院最主要工作是在海外為外國人提供由幼兒到成人的各級漢語課程,其次是關於中華文化的興趣課程。但美國華盛頓智庫「2049計劃研究所」2013年10月發報告指,孔子學院在傳授漢語同時,也在灌輸有利中共意識形態,藉此影響外國人對中國的評價。孔子學院亦被指干預學術和宗教自由,例如2009年北卡羅來納州立大學因孔子學院反對,取消了西藏流亡精神領袖達賴喇嘛的訪問。
特朗普上台後視中國為戰略競爭對手,全面加緊對孔子學院的審查,美國朝野亦對其不客氣。前年2月聯邦調查局(FBI)局長克里斯多福.雷出席國會聽證會時指,孔子學院的確是安全憂慮,當局正處在謹慎觀察階段。去年4月德州兩名共和黨眾議員要求德州農工大學關閉孔子學院,理由是該學院「為中共當局充當平台」,從事情報收集和政治工作,威脅美國國家安全,大學事後順應要求,結束了孔子學院。