由於鄰近地鐵東涌線,故一併在站內設計地鐵東涌線的南昌站。地鐵與西鐵大堂均在最底一層,兩鐵月台同在上一層,但中間是一幅牆,分隔兩鐵月台、列車和車軌。乘客轉車要由月台一層乘自動電梯返回大堂,經過閘機嘟卡後,再乘自動電梯上月台轉車,步程約需3分鐘。
目前南昌站內一邊是西鐵往屯門方向,另一邊是地鐵東涌線往香港方向。兩鐵合併後,地鐵計劃把該幅鐵路圍牆拆掉,同時為方便西鐵新界西乘客轉東涌線往香港,計劃把西鐵該總站月台,由總站開往屯門方向,改為西鐵到南昌總站月台,於是西鐵新界西乘客便毋須走到大堂再返回月台,直接「行過隔離」便可乘搭東涌線列車往香港。
每日由西鐵轉東涌線或相反方向的乘客估計有10至20萬人次,以每人節省3分鐘計,合共可為乘客省回1萬小時。兩鐵為宣傳拆牆大事,在新推出的宣傳短片中向《哈利波特》偷橋,借小魔法師施法術,把鐵路圍牆一下子變走了。
另外,九龍塘和美孚分別是地鐵與東鐵、地鐵與西鐵的接駁站合併後,地鐵計劃拆除站內部份出入閘機,並把已繳費區擴大,乘客進入車站後很快就會便可嘟機進入已繳費區,選乘地鐵、東鐵或西鐵。車站為此騰出的空間,將設置更多商舖及廣告位。