官方經濟觀察網今凌晨發稿指李文亮於凌晨零時四分去世。李早前接受傳媒訪問時稱，他在1月8日接診了一名年長的青光眼病人，病人為疑似武漢肺炎患者，兩天後他開始咳嗽，隨後住進了重症監護室，2月1日確診感染。據悉李的父母也被感染。有報道指，同為醫生的李文亮妻子已懷孕，預產期在6月。
消息傳出內地新聞界和醫學界一片哀號和悲憤。調查記者王志安網上留言：「前些天他（李文亮）在病房裏接受《北京青年報》的採訪，首次披露了診斷和瞞報的細節。這篇文章24小時後被刪。如今，英雄李文亮也被『刪除』了。武漢欠他一個道歉，但我們會永遠記住他！」河北醫生朱斌說：「他是在毫無防護條件下接觸第一批肺炎的醫生，最早提出預警之一，被（警方）訓誡談話、逼寫保證書的醫生之一；他到死都沒得到官方的道歉！李醫生，一路好走，您差一點就拯救了中國！」世衞聞訊亦表哀悼。
去年12月30日，李在微信同學群中發訊息稱：「華南水果海鮮市場確診了七例SARS，在我們醫院急診科隔離。」有人將他的對話截圖流出網絡後，他就被醫院監察科約談，並在1月3日被傳喚到轄區派出所，簽了一份對「違法問題」警示的《訓誡書》。直到疫情蔓延全國，國家衛生部門終於證實病毒能「人傳人」後，官媒才「平反」他及另外七名爆料者全是醫生。李文亮生前受訪時曾表示康復後還是要上一線，「疫情還在擴散，我不想當逃兵」。