機管局的第三條跑道環評報告指，填海等工程對海洋生物的影響只屬「中等」。香港海豚保育學會會長洪家耀在一個環評報告研討會上指，海豚日間會經過該施工範圍，夜間則會在區內覓食，質疑機管局未有詳細研究海豚在夜間的生態便要求填海，將嚴重阻礙海豚棲息及活動，批評環評報告沒聽取保育團體意見，愚弄專家。

對於環評報告指計劃填海和施工的水域並非海豚覓食和活動重地，洪家耀出席同一場合的機管局建築工程環保事務總經理李仲騰承認，於夜間用靜態聲音監察海豚活動，技術上有限制。

對於洪家耀認為要待2023年工程完結後，當局才劃設更大面積的海岸公園，保護區內的中華白海豚是太遲，李仲騰回應指，機管局在施工期間成立海豚監察區，又會限制工程船船速於15海里內，並指報告已建議在海床下鑽挖航油管道，減低對海洋生物的影響。


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