楊鳴章回應佔中問題時，以吸毒作比喻，指若兒子吸毒被捕，父母會想盡辦法幫佢，「更何況佢哋（佔中者）唔係吸毒販毒，係表達一個社會正義，尤其係青年人往往係浪漫啲㗎，佢哋個社會正義感係敏銳啲，所以我覺得我哋應該要幫佢」。夏志誠則指，若教友因佔中被捕，教會會伸出援手。
楊鳴章又自爆，回歸後曾有官員在非正式場合向他詢問正委的角色，「點解你哋天主教有正義和平委員會㗎？你知唔知正義和平委員會成日都反對政府㗎喎？做好多嘢使到大家都尷尬，而且有啲嘢甚至同你哋教會自己立場都唔同㗎喎？其實可唔可以做啲嘢去制裁佢或者刪咗佢呀？」他沒有透露官員職位、姓名，強調當時回答不會「制裁」正委，又說支持教會內有不同聲音。
正委會多年來是民間社運團體中堅，該會執行秘書陳麗娜表示，未有明顯感到被政府阻撓工作，只有一次在借用康文署場地時遇麻煩，對於楊的說法，她不感意外，「正委嘅成立係基於社會訓導，向政府講出個社會有乜問題，我哋唔會因為咁而改變，一個好嘅政府唔應該介意有民間團體批評施政，而係應該自我檢討，唔係對着幹嘅就制裁佢」。