1988年,中共改革派支持的《經濟學周報》挖來高瑜當副總編,一年來刊登多篇支持改革的重磅文章。因為她與《人民日報》前社長胡績偉熟稔,因此在八九民運中扮演了關鍵的黨內改革派與示威學生間聯絡人的工作。高日後的自述寫到,她一度成功勸說王丹等領袖及時撤離天安門廣場,但協議最終因人大高層內部的分歧而破裂。1989年6月3日上午、開槍前半日,高瑜被當局綁架。
這是她第一次被捕,直到1990年8月29日被無罪釋放,第二日高就回到母校拜訪恩師丁子霖,她也成為塑造「天安門母親」這一形象的重要角色。但到了1994年11月,當局用和今次相同的「洩露國家機密罪」將高判監6年,理由是她在本港的《鏡報》上發表兩篇有關中央講話的稿件。
近年來,高瑜雖已年邁卻始終筆耕不斷,為海外多家媒體撰寫評論、採訪。記者有時在飯點、午睡時間致電打擾,她從來都非常和氣。