漁護署公佈2016至17年的海豚監察報告，在12個月研究期間，研究員共進行了178次樣條線船上調查，在全港十個調查區共航行了5,662.5公里，並觀察到共199群中華白海豚，總數達638隻；及150群江豚，總數達403隻。

2016年，中華白海豚在大嶼山西南、西、西北及東北四個調查區域的整體數目估計為47隻，較去年急跌27%，數字更為歷年新低，中華白海豚在相關區域於2011至15年的數目分別為88、80、73、87及65隻。另外，大嶼山東北、西北及西面的調查區域的海豚數量均各自錄得明顯下降趨勢，而四個調查區域合共的整體海豚數目，亦錄得明顯下降趨勢。雖則西南大嶼山的海豚數目並未呈明顯下降趨勢，但自2014及2015年數目大幅上升後，2016年的海豚數目卻減少至較低水平。

報告指中華白海豚在香港的平均群體數目、及覓食活動佔整體海豚目擊次數的比率，均在2016年創下自2002年以來的新低，但報告稱此情況未知是否與人為活動造成的干擾、或與海豚的食糧分佈與資源改變相關。

在2016至17年間，中華白海豚經常在大嶼山西面及西南面水域出沒，但卻甚少在大嶼山北面水域活動，並只集中在龍鼓洲一帶水域出現。雖然海豚在2014及2015年間不斷增加使用大嶼山西南面水域活動，但牠們卻在2016年減少在該處水域出沒。早前曾有海豚專家指，港珠澳大橋工程和高速船令中華白海豚近乎絕迹大嶼山北面水域，擔心三跑動工後情況更趨嚴重。

報告又指，中華白海豚在2016年的重要棲身地，主要集中在大嶼山西面整片水域，在北大嶼山水域，海豚於近年的使用率大幅下降，並於2016年只集中使用龍鼓洲一帶水域。大嶼山東北的大小磨刀洲海域去年起劃為海岸公園，補償興建港珠澳大橋對海豚的影響。但報告指在六個主要海豚生境中，沙洲及龍鼓洲海岸公園、大小磨刀洲海岸公園的海豚使用率於近年均呈現持續下降的趨勢，情況令人擔憂。

另外，幼豚的整體比率亦在2016年跌至自2002年以來最低水平，僅發現17條幼豚，佔被目擊海豚總數量的1.4%，相較2008年近8%大幅下跌。報告指幼豚在去年的罕有出現，並在過去15年出現的比率持續下降，均顯示海豚出生率處於極低水平，此嚴峻的情況令人憂慮。而過去一些經常出沒於香港水域的海豚個體，卻於近年不見所蹤，或只有零星的出沒紀錄。

報告指各項證據顯示，在香港生活的中華白海豚，無論在其分佈、棲息地使用、數量及個體活動範圍使用於近年所呈現的種種變化，均與牠們每天面對的一些長久存在的威脅、及近期一些與沿岸發展有關的額外威脅有密切的關係，建議有關部門應更嚴謹地管制在大嶼山水域的填海工程；妥善管理高速船隻的交通量；並在大嶼山西面水域設立一大型海洋保育區，將現有的沙洲及龍鼓洲海岸公園、擬建中的西南大嶼山海岸公園及索罟群島海岸公園連接起來。

世界自然基金會香港分會(WWF)表示，相信在大嶼山一帶水域所進行的填海和發展工程，已嚴重破壞附近的海豚棲息地，加上日趨繁忙的海上交通都對海豚帶來重重干擾及壓力，促請香港政府盡快設立西大嶼山海岸公園，以保護所餘無幾的重要海豚棲息地。

中華白海豚在1997年被選為香港回歸慶祝活動的吉祥物，因當年香港西面水域，尤其是龍鼓洲及沙洲一帶，經常見到三五成群的珍貴中華白海豚出沒，令中華白海豚具備香港特色。而當時香港各界慶祝回歸委員會成立典禮上，慶委會會徽亦以卡通版的中華白海豚為題材。