反觀香港國安委,法律來源卻是由人大常委會制定的《港區國安法》。最高層三名司長均為國安委成員,作為最高財金官員的財政司長加入委員會,或因北京顧慮香港是國際金融中心。
另外,北京擬在香港國安委設立由中央指派的國安事務顧問,亦是澳門沒有的。作為香港國安委辦事機構的秘書處,領導工作的秘書長由行政長官提名、中央人民政府任命;反觀澳門法例只是規定國安委秘書由行政長官辦公室主任擔任,毋需中央任命。最後,北京擬在港設澳門沒有的維護國家安全公署,指它應當與香港國安委「建立協調機制」,更會與特區維護國家安全的執法、司法機關建立協作機制,說明北京對香港國安機制監控程度遠較澳門高。
澳門立法會議員區錦新指,澳門國安委成立以來未見任何實質工作,亦未向公眾公開會議內容,認為當初澳門成立國安委是回應中央要求;亦由於澳門過去未曾出現影響國安行為,故該委員會「只做政策研究,沒具體措施提出,與香港情形不同」。