台灣總統府裏居然潛伏大陸間諜！府內工作人員在得悉後，都覺得很訝異。針對此事件，台國安會將與總統府高層，以及相關幕僚召開會議，除檢討文書檔案的管理機制，並不排除研擬新的考核制度，徹底落實新進人員和府內人士的考核制度，避免類似的情事再度發生。
總統府發言人王郁琦表示，為防範類似情事再度發生，總統府將再強化審查制度，對於文書檔案管理機制，將全面檢討改善，並注意總統府新進人員品德並查核，加強同仁平時考核，落實同仁法紀觀念，提升法紀認知，以避免誤蹈法網。
對於外界關注扁案偵辦期間，控方也在扁家查出機密文件影印本，而這次總統府遭搜查，檢方針對的對象王仁炳，不知是否跟扁案有關？王郁琦稱，這部份可能要由檢方來進行說明。但有報道指，王與陳水扁，以及扁的親信陳哲男關係良好，懷疑他是阿扁留在馬英九政府的卧底，值得深入調查。
陳水扁自卸任後，儘管一直遭有關部門調查，但對馬英九政府的內部的許多事務，瞭如指掌，一度懷疑扁在總統府裏有間諜。但當局十分低調，僅稱由於案件涉及情節重大，訊問後不排除會對王仁炳有強制處分。