民主黨李永達指地鐵作為上市公司,合併後將無法照顧公眾利益,股東未必同意在偏遠地區興建一些很可能虧蝕的新鐵路及降低票價。陳偉業形容合併後地鐵猶如一頭不停變大的「異形」,成為唯一鐵路服務機構後,一旦涉足地產項目及參與內地興建鐵路工程時有虧蝕,會損害市民利益。自由黨劉健儀指,環運局局長在合併後將自動成為地鐵董事局成員,當鐵路發生重大事故時,容易出現身份尷尬的場面,認為該局局長應獲豁免向董事局負責。
環運局副秘書長何宗基稱,合併後地鐵的五十年專營權會重新計算,一旦發現地鐵未得政府同意下擅自出售大型資產或未能清付合併九鐵的款項,當局將撤銷其專營權。他又說仍跟九鐵員工商討合併後聘用條款,重申當局在未得到大多數員工同意前不會貿然合併,但承認將來兩鐵五大工會代表只繼續是諮詢目標,不會升格為集體談判對象。