九月十二日大清早，剃光了頭及鑲上鋼架的阿釗先被送去接受磁力共振，以便確定腦內需要進行電極刺激的部位。經過反覆嚴密的檢查及計算後，手術在下午正式開始。
阿釗在手術前曾對記者表示：「我心情好緊張，不過唔係驚做手術，我對醫生好有信心，只係因為得一次機會，唔知結果會點，有啲擔心。」
是次手術由五名腦內科及腦外科醫生一同操刀，當中包括阿釗的主診醫生梁顯信及潘偉生教授。
梁醫生先替阿釗的頭蓋骨作局部麻醉，然後在其頭骨兩邊分別鑽開一個直徑約十四毫米的小孔，再在電腦導航定位系統的協助下，將電極插入腦下丘找尋「病灶」。其間躺在手術床上的阿釗完全清醒，以便醫生從他的身體反應得知電極是否刺激在正確的部位上。確定位置後，梁醫生便將兩個微型電極植入腦內。最後，醫生替阿釗進行全身麻醉，然後切開其右胸皮層，植入調節器，約八個小時的手術終於順利完成。