根據政府提交立法會的主要官員問責制文件，舊制度下局長向兩位司長負責的機制已不復存在，代之而來的是三司十一局「平起平坐」，文件講明：「各司長和局長直接隸屬行政長官，並會直接向行政長官負責。」
再無權發出指令
換言之政務司司長曾蔭權及財政司司長梁錦松在問責制下，已再無權向局長發出訓示及指令。
不過原來目前法例中，兩司具有極多法定權力，當中差不多涵蓋所有政策範圍。其中政務司司長有關權力法例有一百八十三條，當中六十條與各類私人信託基金有關，一百二十條則與政策局有關，而涉及財政司司長法例更多達五百條，而六百八十多條法例中，包括不少極敏感及重要條例，影響市民在交通、出入境、金融、甚至博彩活動（見表），並且應該將這些權力轉移到日後問責局長手上。
可能呈荒謬現象
民主黨立法會議員張文光指出，他們曾諮詢立法會法律顧問的意見，經查核後證實，政府提出的決議案中，涉及到的權力轉移部份，根本沒有包括這六百多條法例在內。
他引述立會法律顧問意見認為，七月一日後，若政府不修改這些法例，兩位司長可繼續運用這些法定權力。
張文光指出，若政府一意孤行要在七月一日前通過問責制，到時將會出現極之荒謬的政治現象，就是政治上有十一個問責局長，但部份權力卻在兩位司長手上，可是兩位司長又毋須對局長決定負上政治責任，到時施政將出現大混亂，出現雙重領導的局面：「問責局長變成了『有責無權』，兩位司長就可以『有權無責』。」