台灣聯合號漁船遭日艦撞沉事件，台行政院除將追究事件的責任外，還勒令外交部檢討、撤銷由民進黨執政時遺留的產物──「日本事務會」，令其回歸到體制內。
聯合號漁船10日凌晨在釣魚台南方海域6海里海釣時，遭日保安廳巡邏船撞沉。台外交部日本事務會執行長蔡明耀事發後坦承，他曾致電海巡署，請漁船暫時不要進入釣魚台12海里地區，在原地待命。對此，行政院長劉兆玄昨日在立法會上接受查詢時透露，經向海巡署長王進旺詢問，原來過去幾年來，有關涉及日的類似事件，都是由日本事務會直接指揮，而非外交部，因此「對撤回的這件事情，我非常不滿意」，他將要追究責任，並進行組織上的調整。