專研肺炎鏈球菌的哈佛大學陳曾熙公共衛生學院（Harvard T.H. Chan School of Public Health）流行病學教授 Marc Lipsitch 於週二（2月11日）發表研究報告，根據航空流量推算武漢肺炎病菌在當地的感染情況，估計印尼會出現 5 宗病例，高於現時官方公佈的零確診情況，指當地可能有未被發現的感染個案。印尼政府指斥報告是「侮辱」，強調印尼當地現時未有病例是事實。

Marc Lipsitch 聯同數位學者估算武漢與位於全球 49 個地區的城市之間的航空旅客量，並透過廣義線性迴歸模型（generalized linear regression model）預計橫跨191個地區的輸入性病例，根據數字識別出可能有未被發現的感染個案之地區。其中，新加坡的確診案例比預期的 12 宗高，泰國及印尼的確診案例皆比預期低，而印尼的零感染個案更遠低於研究預期的 5 宗。

印尼衛生部長特拉萬·阿古斯·普特蘭托（Terawan Agus Putranto）向《雅加達郵報》表示當局並無隱瞞疫情，又言專家或許感困惑，但印尼未有病例是事實。普特蘭托為前軍醫，早年於印尼推廣治療中風病人的「洗腦」療法惹來爭議，一度涉嫌違反相關醫學倫理規範，受印尼醫療協會（Indonesian Medical Association）調查。

2017 年至 2019 年期間，訪印尼中國遊客約每年 200 萬人，去年人數僅次於佔印尼遊客總量最多的馬來西亞。一名上個月到訪峇里的中國遊客於返回武漢後被確診感染武漢肺炎，當局則回應指當時峇里的情況並不足以促成感染，病人有可能是在其後經過上海時感染肺炎。

印尼政府早前派出專機接回身處武漢的印尼公民，243 人現於納土納群島上一座軍事設施中隔離。當局又表示隔離人士健康，無需進行檢測。據《悉尼晨鋒報》報道，艾克曼生醫研究院研究員安明（Amin Soebandrio）表明印尼的檢疫配套並不完備，有助快速檢測新型冠狀病毒的試劑將於不久後運抵。