東亞地區主要美國外交官 David Stilwell 指,
今次決定不是要將孔子學院踢出美國,而是要促使美國大學認真了解孔子學院所做的事。他認為學術交流不應被政府影響。
美國國家學者協會認為孔子學院涉破壞學術自由,也違反西方的透明度準則,不適合於校園設立,但中方則回應指說法屬「政治性,且毫無根據」。BBC 指,該
學院曾被指對大學施壓,試圖阻止對北京敏感的演講活動,最廣為留意的是北卡羅來納州大學 (North Carolina State University) 曾因壓力而取消西藏流亡精神領袖達賴喇嘛到訪演講。學者 Bethany Allen-Ebrahimian 出席薩凡納州立大學演說時,就被迫要刪封其簡介內「台灣」一詞。