細菌、跳蚤、老鼠同達文西，看似風牛馬不相及，其實大有關係。

故事應由鼠疫桿菌開始。致病的鼠疫桿菌 (Yersinia pestis) 蹤跡最早見於公元 541 年，是引起拜占庭帝國大瘟疫的「最大嫌疑犯」，這場史稱查士丁尼大瘟疫 (Plague of Justinian) 導致 1 億人死亡；而這種桿菌也很大機會是 14 世紀黑死病 (Black Death) 的源頭，奪走至少 5000 萬條生命，佔中世紀歐洲人口的一半左右。

惡名昭彰的鼠疫桿菌究竟從何而來？為何能有如斯傳染力？

最新的劍橋研究顯示，鼠疫桿菌至少可追溯至公元前三千年的青銅時代 (Bronze Age) ，而且未必是經跳蚤與老鼠傳播，而是類似感冒一樣人傳人。

研究人員從歐亞地區六個不同地點，抽檢 101 個青銅時代成年人的牙齒，並分析其 DNA 。團隊發現其中七個樣本帶有鼠疫桿菌， 而經鑑定後，最古老的樣本相信有 5,783 年歷史；此前最直接的鼠疫桿菌分子 (molecular) 証據只在不足 1500 年歷史的人類骸骨中找到，新的這份研究顯示鼠疫歷史更為悠久。

不過，當中六個最古老的樣本就沒有現代鼠疫桿菌株的 ymt 基因。該基因會幫助細菌不斷複制，直至跳蚤的消化道被堵塞，令其餓極四處亂咬，從而將細菌傳播到其他宿主身上，相信當時的「鼠疫」並沒有以動物作為傳播媒介，情況更可能維持幾千年，直到約公元前 951 年的鐵器時代才由「跳蚤 + 老鼠」這個組合傳播，成為歐亞的死亡使者。

而另一種重要的現代鼠疫桿菌基因 pla 則存在於該些 DNA 樣本。 pla 除了可感染肺部，更可在桿菌主入人體後，感染其他組織，如血管或淋巴腺等，顯示古鼠疫桿菌是種肺病，很大可能透過飛沫感染，傳染性相對現代鼠傳人的腺鼠疫 (bubonic plague) 低。

即使如此，並不等於古老鼠疫桿菌殺人較少—— 90% 沒有接受治療的病人會病死，比很多現代病毒或細菌來得兇猛。而這種傳播極快、死亡率高的疫病很大可能是逼使歐亞人遷到其他地方居住的主因。換個角度來看，鼠疫改變了社會結構；如果學者真的找到黑死病的元兇是鼠疫桿菌，這種菌甚至間接促成文藝復興與宗教改革，對人類歷史極度重要。

據領導這次研究的 Eske Willerslev ，促使鼠疫桿菌演化的機制到現時仍然存在，假如我們從這些考古的發現中學習，將可了解到其他細菌會如何演化，有效避免未來的疫症對社會造成沈重影響。

報告：
Rasmussen, S., Allentoft, M.E., Nielsen, K. & et al. (2015). Early Divergent Strains of Yersinia pestis in Eurasia 5,000 Years Ago. Cell 163(3); p571–582, 22 October 2015. DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2015.10.009